Ο Παπαθωμάς Θωμάς ειδικεύθηκε στην Οφθαλμολογία στο Γενικό Νοσοκομείο Τρικάλων και στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Παπαγεωργίου στη Θεσσαλονίκη. Στη συνέχεια εξειδικεύθηκε στην παθολογία και χειρουργική αμφιβληστροειδούς καθώς και στη χειρουργική του καταρράκτη επί σειρά ετών σε κάποια από τα καλύτερα πανεπιστημιακά νοσοκομεία του Ηνωμένου Βασιλείου. Έχει πλήθος δημοσιεύσεων σε ελληνικά και ξένα περιοδικά και συμμετέχει κάθε χρόνο ως ομιλητής καθώς και σε στρογγυλές τράπεζες σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια.
Medical Retina Fellow (Έμμισθος επιμελητής με ειδικό αντικείμενο την παθολογία του αμφιβληστροειδούς) – Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του Aintree University Hospital, στο Liverpool, UK (Σεπτέμβριος 2010 – Μάιος 2013).
Vitreoretinal Fellow (Έμμισθος επιμελητής με ειδικό αντικείμενο τη χειρουργική του αμφιβληστροειδούς) – Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του Royal Cornwall Hospital, UK (Μάιος 2013 – Μάιος 2015).
Vitreoretinal Fellow (Έμμισθος επιμελητής με ειδικό αντικείμενο τη χειρουργική του αμφιβληστροειδούς) – Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του Southampton University Hospital, UK. Την περίοδο αυτή εξειδικεύτηκε και στη χειρουργική επιπλεγμένων περιστατικών καταρράκτη (Μάιος 2015 – Αύγουστος 2016).
Consultant Vitreoretinal Surgeon (Έμμισθος Διευθυντής του τμήματος Χειρουργικής Αμφιβληστροειδούς) – Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του Southampton University Hospital, UK. (Σεπτέμβριος 2016 – Μάιος 2017).
Πανεπιστημιακός Υπότροφος στην Α’ Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του ΑΧΕΠΑ στη Θεσσαλονίκη, έχοντας αναλάβει το τμήμα παθολογίας και χειρουργικής του αμφιβληστροειδή (Ιούνιος 2017 – Σήμερα).